Rozsáhlý archeologický výzkum v severní části areálu dnešního Masarykova nádraží (pozemek o rozloze 6000 m2 při ulici Na Florenci), který proběhl v letech 2017 a 2018, přinesl mnoho zajímavých zjištění i nálezů souvisejících s osídlením této části Nového Města pražského.

Z písemných pramenů víme, že zdejší pozemky náležely od 10. století do majetku břevnovských benediktinů, od počátku 13. století pak byly krátce v majetku německých rytířů a od druhé třetiny 13. století pak křížovníků s červenou hvězdou. Jádro předlokačního osídlení se však nacházelo o něco severněji na území, kudy procházela významná dálková komunikace do Prahy. V oblasti okolo baziliky sv. Petra se tak postupně rozvinula hustá zástavba, kdežto na ploše dnešního nádraží a jeho okolí ležely pouze pole a louky, stejně jako na území dále po proudy řeky na území dnešního Karlína.

Nejstarší archeologické doklady o sídlištních aktivitách v prostoru dnešního nádraží tak dosud pocházejí až z období po polovině 14. století, tedy po založení Nového Města pražského panovníkem Karlem IV. Za východním okrajem zkoumaného pozemku vyrostly hradby města, pozemek sám byl rozměřen na jednotlivé parcely, v jejichž čele vyrostly kamenné domy. Jednalo se však o lokalitu na periferii nově vznikajícího města, a tak zde zástavba vyrůstala velmi pozvolna, nepravidelně a nejspíše zde nikdy nevznikla souvislá uliční fronta kamenných domů. Ulice Na Florenci byla ve středověku daleko užší a zaniklé domy tak zůstaly z větší části i nadále zachovány pod dnešní vozovkou ulice severně od zkoumané plochy. Výzkum samotný se soustředil do středních a zadních částí parcel a díky tomu se archeologům naskytla možnost odkrýt sanitárně-hygienické a hospodářské zázemí zdejších obyvatel. V několika případech však byly odkryty také zadní partie zdejších domů včetně jejich sklepů. Výjimkou pak byl krásně dochovaný sklep domu vystavěného v hloubce parcely, který prošel složitějším stavebním vývojem a zanikl v průběhu první poloviny 17. století.

Celkem bylo objeveno devět studen a vodních nádrží s kamennými věnci a minimálně stejný počet fekálních jímek (kamenných a dřevěných konstrukcí). Nalezeno bylo také torzo středověké, nejspíše potravinářské, pece. Odkryto a zkoumáno bylo okolo 250 jam různých velikostí, z nichž většina původně vznikla těžením hlíny a štěrkopísku – materiálů využitých pro stavební aktivity v jejich nejbližším okolí. Další stovky drobnějších jamek po kůlech či sloupech představovaly doklady lehčích dřevěných konstrukcí v zázemí zdejších parcel. Odpadní jámy, fekální jímky i studny, které zde postupně vznikaly a zanikaly, byly v průběhu staletí zaplněny domovním odpadem a přinesly tak enormní množství nálezů, kterých bylo celkově téměř 250 000 (předměty zaplnily zhruba cca 660 banánových beden). Množství i rozmanitost těchto nálezů nám tak dává možnost nahlédnout do charakteru hmotné kultury zdejších obyvatel v průběhu středověku a raného novověku. Z velké části se jednalo o zlomky kuchyňské i stolní keramiky, která se v domácnostech vyskytovala ve velkém počtu. Zároveň se jednalo o levnější, spotřební a relativně křehké předměty, které rychle končily mezi odpadem. K nálezům patřilo také více než 10 000 zlomků kamnových kachlů, jejichž čelní stěny byly často reliéfně zdobeny různorodými motivy – především výjevy z Bible, zpodobnění světců, heraldickými motivy nebo portréty panovníků.  Právě takové nálezy vypovídají o vkusu i náboženském cítění zdejších obyvatel. Do podobné kategorie spadalo také několik drobných keramických plastik odrážejících svět osobní zbožnosti středověkého člověka (Madonka s dítětem) i svět dětských her (koník s jezdcem). K výjimečnému nálezu z období raného novověku pak náležel zlomek hrací desky na vrhcáby z 2. poloviny 16. století. Jednalo se o tenkou vápencovou desku, která byla zdobena leptáním, přičemž na jedné straně desky bylo samotné hrací pole a na druhé pak výjev příjezdu panovníka a jeho ozbrojené družiny. Motiv nápadně připomíná triumfální příjezd císaře Karla V. na říšský sněm v Augsburgu v r. 1530, který známe například z dřevořezu Jörga Breua staršího. Výrobní činnost v bezprostřední blízkosti plochy výzkumu dokládají nálezy několika málo zlomků keramických kadlubů na výrobu kachlů a především nálezy většího množství výrobního odpadu z výroby kostěných korálků a knoflíků.

K zásadní změně ve využívání pozemků došlo někdy po polovině 17. století, tedy nejspíše v souvislosti s válečnými událostmi Třicetileté války. O tom, že i tato část Prahy byla těžce postižena tímto válečným konfliktem, svědčí mimo jiné také nálezy dělových koulí i střepin z granátových střel. Část jejich nálezů však bezesporu spadá také do mladšího období Prusko-rakouských válek okolo poloviny 18. století. Na větší části pozemků vznikly rozsáhlé zahrady, které převrstvily veškeré starší sídlištní situace (zaniklé domy, studny, jímky, atd.). Chátrající a nevyhovující středověké hradby byly již v průběhu Třicetileté války částečně zpevňovány zemními valy a dalšími obrannými prvky, nicméně po polovině 17. století začala postupně výstavba zcela nového barokního bastionového opevnění, která pokračovala téměř 70 let. Podobu nově vzniklých zahrad již známe z nejstarších ikonografických pramenů, doklady o jejich podobě a funkci nám však přinesl také archeologický výzkum. Nalezena byla drobná torza zavlažovacích zařízení (cihlové kanálky a nádržky), ale také četné drobné předměty v zahradách ztracené. Mezi ně patřily mince, medailonky, křížky, růžence, ale například také hliněné dýmky. Právě charakter předmětů mimoděk svědčí o způsobů trávení volného času v těchto zahradách. Opravdovou raritou se stal nález téměř celé, přes 1 m vysoké, pískovcové sochy amoreta (putto) v jámě na dvoře mezi zahradou a jedním z dochovaných domů. Socha mohla být původně součástí sousoší v jedné ze zahrad nebo v průčelí domu. Odkryt byl také zahradní domek z počátku 19. století, jehož vnitřní stěny byly bohatě zdobeny malbami (motivy fontánek a zahrad).

Poslední významnou historickou etapu, která opět zcela změnila charakter místa, reprezentovala výstavba železničního nádraží v r. 1845. Pozemky byly vykoupeny a stržena byla i veškerá zbylá dochovaná zástavba. Povrch pozemků byl sjednocen do roviny mohutnou až 3 m vysokou navážkou a v průběhu jediného roku zde vyrostlo rozsáhlé nádraží. Na zkoumaném pozemku byla vystavěna jedna ze dvou velkých skladovacích hal celnice a kolejiště pro vlaky dovážející zboží. Také základy těchto relativně nedávno zaniklých budov byly předmětem archeologické dokumentace. Vlaky vjížděly do vnitřní části nádraží c.k. Severní státní dráhy nejprve skrze nově vybudované uzavíratelné brány, které byly zakomponovány do barokní fortifikace. Před hradbami zůstala vnější část nádraží s jeho provozně-technickým zázemím. Hradby města, které již v této době měly mnoho let parkovou úpravu a sloužily jako veřejné promenády a místa odpočinku, byly v těchto místech strženy až okolo r. 1875.