V roce 1850 byl při opravě věže kostela v Horních Mokropsech nalezen plán zcela zaniklého klášterního kostela, který měl podle svého zakladatele Václava II. sloužit i jako královské pohřebiště. Otázka důvěryhodnosti tohoto nákresu (dochovala se pouze jeho kopie), se stala jednou z klíčových otázek řešených při archeologickém výzkumu, který na Zbraslavi proběhl v letech 1976– 1980. Výsledky výzkumu potvrdily v hlavních rysech podobu kostela známou z objeveného plánu. Centrem více než sto metrů dlouhého chrámu byly čtyři mohutné pilíře vystavěné na místě křížení hlavní lodě a transeptu. Mezi východní dvojící pilířů byla odkryta prostá cihelná hrobka, kterou považujeme za hrobku zakladatele kostela. Na východě byl chrám ukončen pravoúhlým chórem s věncem polygonálních kaplí po jeho obvodu. Na presbytář navazoval trojlodní transept. Bazilikální trojlodí bylo (pravděpodobně později) doplněno na jižní straně o čtvrtou loď tvořenou souvislou řadou kaplí. Na severní straně nahradilo pátou loď křídlo ambitu, oddělené ovšem od kostela plnou zdí. Ve shodě s řádovými pravidly neměl kostel věže. Celkové rozměry chrámu byly monumentální – celková délka více než 100 metrů, šířka čtyřlodí 30 metrů. V roce 1305 stavba (alespoň její východní část) již natolik pokročila, že zde mohl být zakladatel kláštera pohřben. Cihlová zděná hrobka Václava II. jejíž základy výzkum odkryl, stála na čestném místě uprostřed tehdy dostavěné části kostela. Další etapa archeologického výzkumu proběhla v letech 1984–1989 při rekonstrukci barokní prelatury a její výsledky byly doplněny průzkumem stavebně-historickým. Důležitým objevem bylo zjištění zbytků kvádříkové stavby v dnešním západním křídle prelatury, patřící dvěma fázím výstavby, které stavbě kláštera předcházely. Objevené raně středověké hroby nadto signalizují někde v blízkosti výskyt starší církevní stavby.