Areál benediktinského kláštera byl archeologicky zkoumán vícekrát. Nejvýznamnější objev přinesly výkopy prováděné téměř deset let (od r. 1965) ve vý­chodní části kostela. Pod podlahou zde byl odkryt půdorys krypty náležející k nejstaršímu zděnému klášternímu chrámu z doby kolem poloviny 11. století. Obvodové zdi krypty jsou (kromě západní) dochovány až do výše náběhů klenebních čel. Stavba měla podobu trojlodní haly členěné dvěma řadami sloupů. Na východě uzavírala kryptu mělká apsida. Podlaha krypty, původně vyskládaná z kamenných desek, se v původním stavu nedochovala. Pod ní vedly odvodňovací kanálky, jejichž trasa je dodnes zřetelná. Do krypty se vcházelo od západu průchody vybudovanými v severním i jižním rohu. Nově proražený vstup do prostoru původní krypty prochází dnes mladší raně gotickou příčkou, která změnila charakter prostoru a byla zjevně vystavěna až poté, kdy krypta ztratila svou liturgickou funkci a byla zasypána. Interiér krypty se od té doby zachoval bez novověkých zásahů. Prezentace odhalené krypty zde umožnila zpřístupnit i situace vně stavby. V obezděných hrobových jamách byly pod dlaní jednoho z pohřbených mužů (bezpochyby benediktinů) nalezeny tři denáry Vladislava I., ražené v letech 1120–1125.

K dalšímu výzkumu došlo v souvislosti s rekonstrukcí klášterních budov v devadesátých letech 20. století. Jde především o výkopy, které odkryly zdi tří stran gotického rajského dvora, okrouhlou románskou studnu, jejíž konstrukce byla překryta pětibokým zdivem gotického lavatoria s hrotitými opěráky. Chodba gotického ambitu, byla vydlážděna barevnou dlažbou s geometrickými motivy sestavenou z pálených dlaždic. Zatím poslední výzkumné práce proběhly v prostoru západně od kostela a na zahradě kláštera. Výzkum na zahradě, odkryl mladší prvky přibližující původní podobu zahrady: oranžerii, před ní stojící fontány, stejně jako prvky otopného systému i důmyslného vodního režimu. Před západním průčelím kostela byly objeveny dvě oválné jámy obsahující dva tisíce lidských kostí, uložených sem z nedalekého zrušeného masového hrobu. Doprovázející nálezy naznačují, že se jedná o pozůstatky pruských vojáků, obětí bitvy u Štěrbohol (r. 1757).