Výzkum kostela a jeho nejbližšího okolí byl vyvolán stavbou metra C. Práce v interiéru kostela odkryly dochované zdivo základů románské rotundy. Zdivo náleží   kostelu, zmíněném v listině z roku 1205: „Rytíř jménem Asinus (…) dal nějaký kostel (…) na místě které se nazývá Krušina “. Původně plochostropá rotunda byla později zaklenuta žebrovou kří­žovou klenbou a (snad současně?) byl k ní přistavěn objekt na severní straně (pravděpodobně věž). Během výzkumu bylo odkryto téměř čtyřicet hrobů. Pohřbívalo se kolem (a také uvnitř) románského kostela Zdivo podélného gotického kostela, který ve 14. století nahradil rotun­du, lze pod barokním pláštěm stavby tušit dodnes. Písemné zprávy uvádějí, že kostel byl pobořen v roce 1648, aby nemohl sloužit Švédům při obléhání Prahy jako základna a ochrana, nicméně dodnes dochované gotické zdi svědčí o skutečnosti, že úplně zničen nebyl. Na gotické zdivo tak mohli navázat barokní stavitelé, takže v roce 1724 mohl být objekt odevzdán do správy koleje jezuitů u kostela sv. Klimenta v Praze. V té době byla vystavěna samostatně stojící budova zvonice. Za josefínských reforem byla stavba upravena k světským účelům a svatostánek sloužil jako skladiště střelného prachu až do roku 1818, kdy byl opět vysvěcen. Při stavebních výkopech prováděných severně od kostela byly objeveny dva úseky zahloubeného objektu, pravděpodobně příkopu. Jeho šířka činila téměř 3 metry a hloubka více než 2 metry. Průběh příkopu naznačuje, že přetínal obloukem ostroh, na němž stojí kostel. Hypotéza spojující objevený příkop s bitvou u Vyšehradu roku 1420 je velmi pravděpodobná.