Projekt výstavby OD Kotva předpokládal zahloubení stavební jámy do 14 metrů, a tím i likvidaci všech památek, které se na tomto území nacházely. Ze starších výzkumů i písemných zpráv bylo sice zhruba známo, co lze na místě očekávat, přesto dostali archeologové na výzkum plochy o rozloze 72 arů pouze sedm měsíců. Přesto se skupině archeologů (práce v terénu proběhly r. 1971), podařilo rozlišit na ploše staveniště osm základních časových horizontů, od 11. století až do současnosti. Nejstarší horizont představuje část odkrytého pohřebiště, jehož hroby byly bezpečně porušeny při budování románské svatyně. Z konstrukce kostela odkryly výkopy základy lodě a části nadzemního zdiva apsidy. Kostel byl vystavěn nejspíše během poslední třetiny 12. století. Šlo o v té době poměrně obvyklou stavbu s obdélnou lodí, půlkruhovitou apsidou a západní věží vtaženou do půdorysu stavby. V západní části byl kostel vybaven tribunou. Předpokládá se, že stavba byla součástí panského dvorce. V následujícím století se podoba zdejší zástavby zásadně proměnila. Archeologicky se změna projevila mj. výrazným nárůstem terénu, který byl nejspíše důsledkem přemístění velké kubatury zeminy při hloubení mohutného městského příkopu. Příkop byl součástí opevnění, které mezi lety 1230–1239 obkroužilo území Starého Města. V téže době získal areál řád německých rytířů. Řád měl dostatek prostředků ke komplexní přestavbě celého areálu.

Původní kostel byl postupně rozšířen o dvě boční lodě, přičemž severní byla ukončena apsidou. Při této přestavbě zanikla i věž. Éra pražské komendy definitivně skončila na počátku husitských válek, později se kostel sv. Benedikta stal pobočkou chrámu Panny Marie před Týnem. Z té doby odkryl výzkum rozsáhlé pohřebiště a řadu konstrukcí měšťanských domů. V 17. století získali větší část areálu strahovští premonstráti a vystavěli zde seminář – kolej sv. Norberta a nový barokní chrám s protáhlým chórem a s dvojící věží na západní straně, jehož autorem byl známý architekt Domenico Orsi. Církevní historii areálu uzavřely josefínské reformy. Budovy Norbertina převzal vojenský erár a posléze Novoměstský ústav šlechtičen (1792), za něhož byl mj. zbořen i barokní kostel.