Od 30. let 13. století vyrůstaly u řeky, na okraji Starého Města, budovy kláštera klarisek a dále od řeky stavby kláštera minoritů. V průběhu první etapy výstavby byly románské kvádříky nahrazeny gotickými pálenými cihlami. Ke kostelu sv. Františka byl přistavěn protáhlý presbytář s pětibokým závěrem a na severní straně kaple Panny Marie a dvoupatrová budova, která byla nejspíše obydlím první abatyše, Anežky Přemyslovny. Zahrnovala kapli v přízemí a obytnou místností v patře. Výstavba dalšího kostela, sv. Salvátora, byla krokem k vybudování přemyslovského mauzolea. Konec této vize znamenala bitva na Moravském poli. Zlom v historii přinesly husitské války. Klarisky i minorité odešli, kláštery byly vypleněny. Definitivní konec znamenaly josefínské reformy. Stavby kostelů sice zůstaly uprostřed nové zástavby patrné, ale na místě budov klášterů postupně vznikala nová čtvrť, dodnes zvaná Na Františku. Hlavní slovo při řešení problému rekonstrukce proto připadl archeologii. Už v roce 1643 byl hledán hrob zakladatelky kláštera. Další výkopy byly prováděny od počátku 20. století, tentokrát už v souvislosti se zahájením obnovy kláštera. Nejznámějším výsledkem byly nálezy ostatků přemyslovského rodu. Hrobka zakladatelky kláštera byla sice v kapli Panny Marie nalezena prázdná, ale v téže prostoře byla odkryta hrobka s ostatky královny Kunhuty Uherské, a v presbytáři kostela sv. Františka i hrobka s ostatky zakladatele kláštera Václava I. Postupně byla prozkoumána větší část plochy obou středověkých klášterů, mj. bylo odkryto zdivo někdejší minoritské kvadratury, kapitulní síně a dalších staveb. Většina původních konstrukcí byla zakonzervována a zčásti doplněna Je velmi pravděpodobné, že některé konstrukce klášterů jsou dosud ukryty v hmotě okolních budov. Dnešní podoba prezentace dochovaných částí mužského konventu je výsledkem poslední památkové obnovy areálu provedené v letech 2015 až 2016. Celý komplex kláštera sv. Anežky České je nyní součástí Národní galerie, nabízí nový prohlídkový okruh architekturou a historií kláštera, včetně upravených zahrad se sochami předních českých umělců.