Kostel sv. Jiří byl založen někdy před rokem 921 kní­žetem Vratislavem I. jako druhý hradní chrám.  Záhy se stal knížecím pohřebištěm, v roce 925 byly do něj pře­neseny ostatky kněžny Lud­mily. Boleslav I. posléze kostel sv. Jiří věnoval no­vému ženskému konventnímu klášteru, založenému po říšském vzoru, který byl vůbec prvním monastickým zařízením na území českého knížectví. Misi do Říma s žádostí o založení nejen tohoto kláštera, ale i pražského biskupství vedla dcera Boleslava I., Mlada. Ta se kolem roku 970 stala první abatyší. V roce 999 byl do baziliky sv. Jiří pohřben kníže Boleslav II.

Ve vyhodnocení výsledků výzkumů dodnes mezi archeology i stavebními historiky nepanuje shoda. Poslední revize pramenů v roce 2015 ukázala, že nej­starší dochované a převážně pod zemí ukryté relikty první fáze baziliky nepatří kostelu Vratislavovu z 1. čtvrtiny 10. století, jak se dříve předpokládalo, ale až stavbě postavené někdy kolem roku 1000 (zdivo je již kvádříkové). Jednalo se o baziliku se západní kryptou. Hlavní loď oddělovaly od lodí bočních východně od krypty válcové sloupy. Východní závěr baziliky neznáme – ve východní části lodi však ležely knížecí hroby s hrobem Boleslava II. († 999) a starším křížovým útvarem. Bazilika je dnes obnovena v její nejstarší dochované fázi z doby po roce 1142.