Osídlení území, na kterém později vyrostlo pražské Židovské Město, sahá podle archeologických nálezů již do 2. poloviny 11. století. Židovské osídlení se postupně rozvíjelo a krátce po roce 1230 bylo začleněno do nově vybudovaných hradeb Starého Města. V průběhu let 1893–1914 došlo ke zbourání takřka všech domů Josefova. Pozůstatky středověkého osídlení se nalézají ve větších hloubkách, 2 až 5 metrů pod současným povrchem. K výzkumům, které přinesly informace o předchůdcích dodnes stojících staveb, patří akce provedené ve třech známých dochovaných synagogách a u jedné synagogy zbořené. V raně gotické Staronové synagoze, byly prozkoumány části přístavků a menší plocha ve vlastním dvoulodí stavby založené v 70. či 80. letech 13. století. Pod podlahou synagogy byly objeveny doklady osídlení z 2. poloviny 11. a 12. století. O tom, že stavba byla vybudována na již zastavěném území, svědčí nález staršího zdiva a torzo větší dřevěné kůlové konstrukce. Hypoteticky by se mohlo jednat o starší dřevěnou synagogu. Španělská synagoga byla postavena až v roce 1868. Na jejím místě stála ve středověku Stará synagoga. Předpokládá se, že byla zbudována v průběhu 12. či na začátku 13. století. Existenci starších, obtížně interpretovatelných konstrukcí doložil i nevelký archeologický výzkum pod její podlahou. Asanaci na konci 19. století padly za oběť i hodnotné velké renesanční a raně barokní stavby: Cikánova, postavená před rokem 1613 Goldou a Salkindem Zigeinerovými, a Velkodvorská, vybudovaná Jakubem Baševim krátce po roce 1627. Nová, jinak též Wechslerova synagoga byla postavena na počátku 17. století na jižní straně hlavní ulice ghetta – Josefské třídě. Při rekonstrukci vodovodní přípojky v Pařížské ulici u ústí ulice Široké byla při archeologickém výzkumu v roce 2011 v hloubce 1,1 metru odkryta její dvorní jižní obvodová zeď. Další relikty se nalézají pod podlahou sklepů nárožního domu čp. 119. Pozůstatky Cikánovy synagogy se nalézají pod podlahou sklepů domů čp. 131 a 132 v Bílkově ulici. Archeologický výzkum zde neproběhl. Velkodvorská synagoga se nacházela severovýchodně od křižovatky Pařížské a Bílkovy ulice.