Dějiny místa na rozhraní dnešního Smetanova nábřeží a ulice Na Zábradlí jsou spojeny s románským kostelem sv. Jana Křtitele, který zde stával do roku 1896. Počátky této stavby nejsou známy. První písemná zpráva pochází až z roku 1320 a zmiňuje objekt v souvislosti s osobou faráře Jana. Tento pozdní záznam popisuje kostel již jako farní. Kolem kostela se nalézal nevelký hřbitov spolu s farou (čp. 204) a farní školou (čp. 206). Za josefínských reforem byl kostel roku 1784 zrušen a následně roku 1789 prodán do soukromých rukou. Celá nefunkční stavba byla nedlouho poté přestavěna na obytný dům podle plánu stavitele Ignáce Jana Nepomuka Palliardiho. V roce 1896 byl celý objekt zbořen a nahrazen stávajícím bytovým domem. Nejstarší románská část kostela byla historiky umění rekonstruována jako centrála s kvadratickou lodí, k níž se na straně východní, severní a jižní připojovaly půlkruhové apsidy. Na straně západní byla ve vrcholném středověku přistavěna rozměrná obdélná loď. Počátky ani zakladatel této stavby nejsou známé. Předpokládá se, že kostel vznikl při dvorci jako vlastnická svatyně vysoce postavené osoby té doby, nedaleko přechodu přes Vltavu. Nové světlo do stavu našich znalostí přinesl až archeologický výzkum v roce 2001 vyvolaný stavebními úpravami domu. Velice mělce pod cihlovou podlahou sklepa se nalézaly početné zděné kon­strukce s hroby, které po bližším ohledání bylo možné ztotožnit se zaniklým kostelem sv. Jana.

Zásadním poznatkem výzkumu bylo zjištění starší sakrální stavby, která předcházela známé románské stavbě kostela. Zachovány z ní zůstaly nevelké zbytky základů apsidy a jižní obvodové stěny z opuky. Svou stavební formou se jednalo o prostou jednolodní stavbu. Její vznik je teoreticky kladen na přelom 11. a 12. století. Nejspíše po polovině 12. století byl starší kostel nahrazen architektonicky náročnější centrálou z opukových kvádříků, ke které byla na západní straně později připojena pravoúhlá stavba neznámého účelu. Důležitou součástí celého areálu byl i hřbitov, dokumentovaný početnými hroby umístěnými jak v interiéru stavby, tak po jejím obvodu. Po provedení výzkumu zůstaly všechny odkryté pozůstatky kostela zachovány pod novou podlahou.