Na ploše Betlémského náměstí před průčelím Betlémské kaple stával ve středověku kostel sv. Filipa a Jakuba. Základy kostela byly odhaleny v letech 1948–1949 archeologem Ivanem Borkovským během stavební obnovy Betlémské kaple. Z písemných pramenů se o této stavbě mnoho nedozvídáme. Poprvé je kostel zmíněn až roku 1357 jako farní. Náležel k němu též hřbitov a fara stojící na jižní straně dnešního náměstí. V souvislosti s výstavbou Betlémské kaple po roce 1391 v bezprostředním sousedství došlo k zabrání části hřbitova, který kostel původně obklopoval. Jeho stavba zaniká za nejasných okolností krátce po vypuknutí husitských válek. Poslední písemná zmínka k němu se váže k roku 1419. Po jeho zboření je uvolněné místo využito jako hřbitov příslušející k Betlémské kapli. V roce 1786 v souvislosti se zrušením a zbořením kaple končí i zdejší pohřbívání. Na jeho místě vzniká plocha dnešního náměstí. Naše vědomosti o podobě kostela sv. Filipa a Jakuba vycházejí hlavně ze zjištění archeologického výzkumu. Podle dochované dokumentace můžeme jeho nejstarší část rekonstruovat jako prostou románskou stavbu s obdélnou lodí zakončenou půlkruhovou apsidou. Objekt byl vystavěn z nízkých opukových kvádříků. V západní části lodi se nalézala tribuna nesená dvěma sloupy a podklenutá třemi poli křížové klenby. Na základě rozboru stavebních konstrukcí a archeologické situace je vznik kostela datován do průběhu 12. století. V období gotiky prošel přestavbou, při níž byla apsida nahrazena větším polygonálně zakončeným presbytářem. K hlavní lodi byly po stranách přistavěny dvě menší. Jižní z lodí byla mírně zkosená, severní pak v průčelí doplňovala věž zvonice. Jak v interiéru, tak po obvodu kostela se nalézaly desítky hrobů náležející ke kostelnímu hřbitovu. Jeho pozůstatky včetně konstrukcí kostelní stavby jsou dodnes zachovány nehluboko pod současným povrchem náměstí.