Za vlády Vratislava II. (1061–1092, korunován 1085/1086) a za vlády jeho bezprostředních následovníků byl Vyšehrad hlavní přemyslovskou rezidencí. Je pravděpodobné, že svou výstavností v té době na čas předčil i tradiční sídlo Přemyslovců na Hradčanech. Jihozápadní část opevněné plochy Vyšehradu je považována za jádro někdejšího hradu – tzv. akropoli. V ní se od raného středověku soustředily nejvýznamnější rezidenční budovy. Od ostatní hradní plochy na severu i východě byla oddělena příkopem. Dosavadní poznatky o vyšehradské akropoli v jejím historicky mimořádném období poslední třetiny 11. století byly více než skoupé. Na základě nově rozpoznaných reliktů staveb a dalších indicií lze usuzovat, že již v této době hrad disponoval nejen kamennou hradbou, ale i výstavným palácem. Ten svým situováním a rozměry pravděpodobně odpovídal románské rezidenci knížete Soběslava na Pražském hradě, budované společně s kamenným opevněním až po roce 1135.

Velkorysou přestavbou prošel Vyšehrad za vlády Karla IV. Nově budované opevnění Nového Města pražského se tehdy přimklo k vyšehradským hradbám, které rovněž prodělaly významné změny.  I panovnický dvůr – tzv. akropole – byl nově obehnán hradbami s cimbuřím a obrannými věžemi. Brány hradu jsou doloženy na severu a jihovýchodě, kde byla zbudována monumentální brána Špička. Tu můžeme spatřit na řadě mladších historických vyobrazení. Rezidenční stavby vrcholného středověku vznikaly postupně při hradební zdi nad Vltavou, prvé z nich současně s opevněním, do kterého byly zakomponovány. Používaným stavebním materiálem byl, na rozdíl od předchozího období, v němž se uplatňovala opuka a vápenec, místní pískovec a droby. Stavby, označované tradičně za paláce, byly jednotraktové a měly nejméně dvě podlaží. Horní patra mohla být dřevěná či hrázděná. Stavba situovaná při jižní linii hradeb, označovaná dodnes jako Staré purkrabství, plnila patrně svoji funkci od středověku. Další dvojice budov byla vkomponována do západní linie hradeb. Za reprezentační budovu je považována stavba orientovaná směrem jihovýchod–severozápad v těsném sousedství nově identifikovaného raně středověkého paláce.