Kostel Panny Marie je znám z historických pramenů jako první sakrální stavba v Praze. Byl založen prvním historicky známým českým knížetem Bořivojem snad v roce 885. Přitahuje dlouhodobě pozornost všech, kdo se zajímají o vznik raného českého státu a jeho metropole, o přijetí křes­ťanství, o nejstarší sakrální architekturu i o nejstarší historii Pražského hradu. O kostele P. Marie nás informuje např. tzv. legenda Kristiánova, dnes kladená do 10. století. Podle vyjád­ření legendisty byl kostel založen „in ipsa civitate Pragensi“, tedy v místě tehdy vnímaném jako součást sídelního prostoru.

Poloha kostela nebyla dlouho známa. O její určení se v rámci svých výzkumů Pražského hradu během 20. století pokoušel Ivan Borkovský. Když v průchodu západ­ním traktem mezi 2. a 4. nádvořím objevil na počátku 50. let část sakrální stavby s pohřební komorou, tzv. tumbou, a dodatečně do ní vloženou kamennou hrobkou s pohřbem muže a ženy se stříbrnými šperky, nebyl na pochybách, že hledaný kostel byl konečně objeven. Soubor šperků z ženského hrobu tvořený honosnými stříbrnými hrozníčkovitými náušnicemi a jednoduchou záušnicí s očkem lze totiž klást typo­logicky nejvýše do počátku 10. století. Nalezené ostatky byly připsány knížeti Spytihněvovi († 915) a jeho ženě. Kostel byl autorem výzkumu rekonstruován jako jednolodní stavba s polygonální apsidou.

Ztotožnění objevených pozůstatků stavby s Bořivojovým kostelem P. Marie je dnes vesměs přijímáno. Hlavním argumentem je datování opřené o šperky z hrobu ženy. Řada otázek zůstává ale nezodpovězena: neznáme podobu nejstarší stavby, z jejíhož zdiva zůstalo dochováno jen nepatrné torzo porušené mladší svatyní a nevíme také, jaká byla funkce místa, které kníže zvolil pro za­ložení prvé pražské křesťanské svatyně. Stavba byla situována v jedné z dominantních poloh ostrohu, blíže k hra­ně jeho severního svahu. Tato plocha byla nej­později od přelomu 9. a 10. století součástí poměrně souvisle osídleného a možná tehdy nebo záhy poté již i opevněného hradčanského předhradí.

Dnešní podobu památka získala až v letech 1995–1996. Je zpřístupněna veřejnosti průhledem skleněnou deskou, tvořící severní stěnu průchodu západním traktem. Dochované zdivo náleží ale mladší stavební fázi kostela, hrobka je skryta pod pískovým zásypem.